Szkoła w Janowie została zbudowana w 1938 roku przy udziale lokalnego społeczeństwa i Jednostki Wojskowej w Modlinie, a jej pierwotna nazwa brzmiała: Publiczna Szkoła Powszechna trzeciego stopnia im. Marszałka Polski Józefa Piłsudskiego.
Przerwę w normalnym nauczaniu stanowiły lata okupacji.Podczas okupacji niemieckiej, od września 1939 r. do stycznia 1945 r. w budynku szkoły kwaterowało wojsko niemieckie i mieściła się w nim niemiecka Podoficerska Szkoła Piechoty. W tym czasie prawie całkowicie zniszczone zostały meble, wyposażenie oraz biblioteka.
2 IX 1939 roku odziały niemieckie wkroczyły do Janowa i aresztowały księdza Władysława Białego(kawalera orderu Virtuti Militari) więżąc go tymczasowo w Komorowie, skąd przewieziono go później w okolice Królewca, a następnie do obozu w Działdowie, gdzie 27 V 1940 roku został zamordowany.
Mieszkający w Janowie Żydzi również zostali aresztowani i przewiezieni do getta w Łodzi, a następnie część z nich trafiła do obozu Auschwitz w Oświęcimiu, gdzie zostali zamordowani. Tylko nieliczni zdołali uciec z Janowa i przeżyć. Ci którzy znajdowali się w getcie w Łodzi również zostali zamordowani.
O zbliżającym się wybuchu wojny w Janowie mówione było już podczas odpustu na św. Rocha, który odbył się 16 sierpnia 1939 roku. Tego dnia w Janowie wybuchł groźny pożar. Zniszczył wiele domów i zabudowań gospodarskich. Straty były ogromne, ponieważ było już po żniwach i sianokosach, więc stodoły były pełne zboża i siana. Mieszkańcy byli zrozpaczeni bo spłonęły też maszyny rolnicze i zwierzęta gospodarskie. Uratowały się tylko krowy, które były na pastwisku.
Pod koniec sierpnia sytuacja we wsi była bardzo napięta. Janowo było miejscowością leżącą na granicy z Prusami Wschodnimi. Po ogłoszeniu mobilizacji do wojska mieszkańcy spodziewali się ewakuacji i niektórzy szykowali się do ucieczki przed Niemcami. Szykowano prowiant na drogę, zabijano zwierzęta i pieczono chleb. Do dużych worków pakowano odzież i pościel. 28 sierpnia 1939 roku był bardzo ciepły dzień.
Stanisława Karaś z domu Olbryś tak wspomina ten dzień i pierwsze dni wojny w Janowie. „Tego dnia matka zabrała z szuflady komody dokumenty, zdjęcia, świadectwa szkolne, część pieniędzy i włożyła do konwi mleczarskiej, zamknęła i zakopała w ogrodzie. Dom zabezpieczono, okna zabito deskami a drzwi zamknięto na kłódkę. Z kilkoma rodzinami opuściliśmy Janowo. Po drodze mijaliśmy ludzi uciekających ze swym skromnym dobytkiem. Dotarliśmy do majątku Wólka i tam rozlokowaliśmy się w tym majątku. 1 września od jednego z przybyłych do gospodarstwa Niemca dowiedzieliśmy się, że w Janowie nic się nie dzieje i radził nam tam wracać. 2 września wieczorem dotarliśmy do Szemplina Czarnego i tam zostaliśmy na nocleg. Tato jednak kazał mi samej wyruszyć pieszo do Janowa i zobaczyć co się tam dzieje. Bez słowa sprzeciwu ruszyłam w drogę. Szłam raźno harcerskim marszem, 10 kroków biegiem a 10 miarowym chodem. Kiedy znalazłam się na niedaleko Janowa zobaczyłam przerażający widok. Po obu stronach drogi w okopach byli Niemcy. W słońcu błyszczały im hełmy i lśniły lufy karabinów. Ogarnął mnie strach, pomyślałam, że zaraz mnie zastrzelą. Szłam dalej w kierunku Janowa. Pierwszy napotkany żołnierz zaczął mnie wypytywać po polsku co to robię sama i gdzie są moi rodzice. Odpowiedziałam, że się zgubiłam i szybko pobiegłam na przód. Niedaleko domu spotkałam moją koleżankę Żydówkę- Hanię Lipszyc. Wieczorem dotarła cała moja rodzina. Mama i tata rozładowali wóz i przed obrazem świętym podziękowali Bogu za pomoc i prosili Go o „pokój”.
Mieszkańcy Janowa wracali do swoich domów. Początkowo Niemcy nie robili nikomu krzywdy. Początek września był piękny, niebo było czyste więc widzieliśmy przelatujące eskadry samolotów- bombowców niemieckich, nadlatujących od strony Prus Wschodnich. Powietrze wypełnione było nieustannym warkotem. Janowo powoli zaludniało się powracającymi mieszkańcami. Brudni, zmęczeni , chorzy, wychudzeni opowiadali o ciężkich przeżyciach, bombardowaniu wsi i miast i strzelaniu z karabinów maszynowych przez Niemców do taborów z ludnością cywilną. Sami ledwo uszli z życiem. Wielu Janowiaków trafiło do obozów i niewoli, z których już nie wrócili. W 1941 roku wysiedlono ludność Janowa i okolicznych wsi. Pozostawiono robotników leśnych, kilku rzemieślników, w tym szewca, krawca, piekarza i kowala. W Janowie zapanowała cisza, przerywana śpiewem wojska i rytmicznym stukotem butów niemieckich żołnierzy. Coraz więcej wojska przybywało do Janowa, aby ćwiczyć na stworzonym tu poligonie. Wojsko przebywało w szkole i prywatnych budynkach. Żandarmi często prowadzili rewizje. Zabierali kożuchy, pierzyny, poduszki, pytali o radio, zastraszali ludzi. Każdego dnia żyło się gorzej”.
Swoje wspomnienia Pani Karaś opisała w książce „Ocalić od zapomnienia”.
Pani Karaś bardzo szczegółowo opisuje jak jej rodzina i sąsiedzi radzili sobie z niedostatkiem, głodem, mrozem, zdobywaniem pożywienia, pracą na rzecz okupanta oraz cierpieniem o życie własne i bliskich. Nie było ani szkoły ani kościoła. Dzieci uczyły się w domach, żeby nie odkryli ich Niemcy bo za to groziła śmierć albo obóz koncentracyjny. Nie wolno było słuchać radia, czytać polskich gazet czy ulotek. Wiosną zbierano liście poziomek, malin, mięty i innych ziół, żeby mieć co pić przez cały następny rok. Mydło do prania też wyrabiano domowym sposobem: z tłuszczu i sody kaustycznej. Robotnicy leśni mogli hodować krowę i trzodę chlewną i drób w niewielkich ilościach. Często zabierali go Niemcy. Chleb wypiekano z mąki z własnego zboża. Na ubrania i obuwie wydawano talony, które tak jak naftę do lamp kupowano w sklepie, który był za granicą w Komorowie.
Kiedy pod koniec wojny przyszli do Janowa Rosjanie- jak się sami nazywali „wyzwolicielami” nastały jeszcze gorsze czasy. Rosjanie wpadali do domów, kradli wszystko od żywności po rowery. Stawiających opór mieszkańców bili, a w ich domach podpalali słomiane sienniki w łóżkach. Mieszkańcy, którzy przeżyli wojnę czekali na swoich bliskich. Niestety do wielu docierały tragiczne wieści o ich śmierci. Ci, którzy zginęli w obozach, na frontach, w lasach zostali upamiętnieni na przykościelnych obeliskach, cmentarzu i tablicach.
Po wyzwoleniu Janowa spod okupacji niemieckiej (18.01.1945 r.), pomimo licznych trudności, szkoła niezwłocznie rozpoczyna swoją działalność (luty 1945 r.).
Zaczęto od zapisywania dzieci, kompletowania sprzętu, porządkowania pomieszczeń. Także ludność powracająca z wysiedlenia mogła zapisać swoje dzieci do szkoły. Na początku było prawie 300 uczniów. Powoli tworzono także kadrę pedagogiczną. Stopniowo remontowano budynek szkolny i na nowo ubogacano jego wyposażenie.
